Московити в усі часи прагнули позбавити Запорожжя церковної автономії, а Січ чинила опір наступові царизму. У 1769 р. запорозька кошова старшина відмовилася виконати наказ Румянцева і поставити запорозьких ієромонахів, що були у військовому поході, у залежність від російських обер-священиків усієї діючої армії. Козаки зі своїми традиціями демократії і в цьому намагалися відстоювати свої права.
У цьому ж році велике занепокоєння церковної митрополії у Києві і синоду в Петербурзі викликало перебування на Січі за проханням коша єпископа Анатолія Мелеса з Афонської гори. Він був уродженцем Мелесового хутора під Золотоношею на сучасній Черкащині. Приїхав на Січ для збору милостині для афонських монастирів, а також як уповноважений від поневолених турками слов’ян, які бажали переселитися. В Україні єпископ Анатолій під час богослужіння в Січі принципово не згадував імен російських ієрархів.
Зі страху перед можливістю утворення автономного єпископату імператриця Єлизавета 27 жовтня 1769 р. видала спеціальний указ про заборону Анатолієві Мелесу служити на Запорозькій Січі…
Найтяжчим періодом для запорозької церкви були 1709 — 1734 рр. 1709 р. за наказом Петра І разом із Чортомлицькою Січчю була зруйнована й церква. Козаки захопили з собою похідні церкви, спустилися нижче Дніпром і заснували Кам’янську Січ, але й звідти московити їх вигнали. Запорожці пішли ще нижче й отаборилися в Олешках, але то було тоді володіння кримського хана, і козакам велося там дуже тяжко…
Та попри все запорожці й тут встановили зв’язок із афонським духовенством і цареградським (константинопольським) патріархом, знайшли можливість обмінюватися подарунками, одержували звідти священиків, приймали в дар золототкані ризи й чудової роботи аналой з арабського дерева з інкрустаціями (за переказами, цей аналой раніше належав знаменитому проповіднику IV ст. Іоанну Златоусту). Після зруйнування Січі він зберігався у Нікопольській церкві; зараз відомостей про аналой немає.
Посилений розвиток церков на Запорожжі пов’язаний із останньою, так званою Новою, або Підпільненською Січчю, яка існувала в 1734—1775 рр., в часи кошового отамана Петра Калнишевського.
Після ради 1766 р. і до кінця існування Запорозької Січі в межах Вольностей Війська Запорозького нараховувалось 44 церкви, 13 каплиць, 2 скити, одна молитовна ікона — у 53 поселеннях та урочищах.
Церкви на Запорожжі були дерев’яні. Збиралися з часом дерев’яні церкви замінити на кам’яні, хотіли спорудити храм із мармуру й тесаного каміння. Зруйнування Січі в 1775 р. перешкодило здійсненню цих планів…
Була ще одна особливість на Січі — похідні церкви. Робилися вони з грубого полотна та церати й нагадували намети. Запорожці возили їх із собою в походи, встановлювали поблизу сторожових постів — «бекетів». Саме в похідній церкві на Микитиному Розі відслужили молебні, коли Богдана Хмельницького, який прибув сюди з Чигирина, обрали гетьманом на раді в Січі і коли він на чолі козаків вийшов на першу визвольну битву українського народу під Жовтими Водами…
Церковний інтер’єр, внутрішнє оздоблення храмів відображали ставлення запорожців до церкви. Січова церква відзначалася дорогою ризницею, щонайкоштовнішим церковним начинням. Вся Російська імперія не мала багатшого храму. Царські врата в церкві останньої Січі були вилиті з чистого срібла, ікони горіли золотим оздобленням, вони були писані кращими візантійськими та українськими художниками, ризи були ковані щирим золотом, книги обкладені масивним сріблом із коштовним камінням; розкішне церковне начиння: великі срібні напрестольні ліхтарі-свічники, кипарисові з різьбою, а також срібні позолочені хрести, срібні лампади, п’ятдесят срібних позолочених корон; прикрашали інтер’єр церкви багато низок перлин, коралів, вироби з бурштину, сотні золотих червінців і полотняних, гаптованих золотом і сріблом напрестольних уборів, священицькі шати з парчі, штофу та інших цінних тканин, 120 стародруків і старовинних рукописних книг…
Найшанованіші святі і свята у козаків були свої. Храмовим святом на Запорозькій Січі було свято Покрови. На всіх Січах була церква Покрови, і вона вважалась головною. Під покровом Богоматері запорожці не боялись ні ворожого вогню, ні грізної стихії, ні морської бурі.
Користувались популярністю церкви Миколая, захисника всіх тих, хто плаває, мандрує, небесного воїна Михаїла, а також Андрія Первозванного, як першого вістителя у придніпровських краях християнської віри…
