25 липня 1687 року на Коломацькій Раді гетьманом України обраний Іван Мазепа.
Він прагнув об’єднати в єдиній державі всі українські землі – Лівобережжя, Правобережжя, Запоріжжя, Слобожанщину і досяг реальних успіхів у цій справі. Передбачав побудову в Україні станової держави західноєвропейського зразка із збереженням традиційного козацького устрою.
Знаючи ставлення російського уряду до України, гетьман намагався використати свій вплив на Петра І й зв’язки з московськими можновладцями для збереження прав і вольностей Гетьманщини. Українські полки брали активну участь у війнах Московії з Кримським ханством та Туреччиною (Азовські походи 1695-1696 років).
Довідавшись про плани Петра І ліквідувати гетьманство та козацький устрій, що означало знищення державності України, гетьман навесні 1705 року розпочав таємні переговори із союзником шведського короля Карла XII польським королем С. Лещинським.
Після початку наступу шведів на Москву через територію України гетьман у жовтні 1708 року відкрито перейшов на бік Карла XII. Це викликало масові репресії московських військ проти українського населення. Було знищено гетьманську столицю Батурин, Запорізьку Січ та ін. Навесні 1709 року шведські та гетьманські війська розпочали наступ на Москву через Харків і Курськ. Однак на їхньому шляху була Полтава з сильним російським гарнізоном, невдала облога якої дала можливість Петру І підготуватися до генерального бою і отримати перемогу у Полтавському бою влітку 1709 року. Карл XII та І. Мазепа були змушені відступити у турецькі володіння, де гетьман оселився в передмісті м. Бендери.
Помер Іван Мазепа 22 вересня 1709 року і був похований у монастирі Св. Георгія в м. Галаці (нині Румунія).