Бажаючи утвердити свою владу над Україною імператриця Катерина ІІ своїм указом 1764 року ліквідувала гетьманство, а 1775 року наказала ліквідувати й Запорізьку Січ. В ніч на 4 червня (17 червня за новим стилем) 1775 року 100-тисячна царська армія оточила Січ – невелике містечко, з одною церквою, 38-ма будівлями, 5-ма козацькими, майстровими і торговими будинками. На той час у Січі перебувало лише декілька сот душ, решта козаків знаходилася на паланках, промислах, по городах. Сили були надто нерівні, але козаки бралися боронити свою Запорозьку вольницю.
84-річний кошовий отаман Петро Калнишевський розумів приреченість будь-якого опору. Будучи до глибини душі православним, праведний Петро Калнишевський не хотів пролиття християнської крови. Проте козаки рвалися в бій:« – Та позволь, позволь, пане кошовий, нам на башти стати. Та не позволиш з тесаками – позволь з кулаками… Ой крикнув же та Калниш кошовий, на Покровській дзвіниці: – Ой кидайте ж ви, славні запорожці, і пістолі, й рушниці. Та й не позволю, славні козаченьки, вам на башти стати. Ой не позволю крівцю християнську марно проливати», – так співалося в одній пісні, де велика християнська любов Петра Калнишевського стала народною думою.
Це був великий подвиг любові, миротворництва, про який Господь наш Ісус Христос сказав: «Блаженні миротворці, бо вони синами Божими назвуться» (Мф. 5,9). Так праведний слуга Божий Петро сином Всевишнього назвався. Але цим він ще більше став ненависний цариці – гонительниці та мучительниці святителя Арсенія Мацієвича, митрополита Ростовського. За наказом цариці праведного Петра було заслано в Соловецький монастир. На пропозицію фаворита цариці Потьомкіна, Синод вказав монастирським властям, щоб «содержаны были узники сии (отаман і старшина) безвыпускно из монастырей й удалены бы были не только от переписок, но й от всякого с посторонними людьми обращения».
Своїм життям праведний Петро уподібнився Іову Багатостраждальному, бо Господь і для нього допустив такі самі випробування, щоб вічного блаженства став достойним. Петро Калнишевський мав усе – владу і багатства, але всього цього позбувся і 25 літ був мучений важкими умовами життя, бо обрав правду, тісний і тернистий шлях страждань і зненавидів беззаконня.
Відомо, що праведний Петро Калнишевський хотів дожити кінець життя свого у Межигірському Спасо-Преображенському монастирі, але злонаміри сильних світу цього розпорядилися по-іншому. Петро Калнишевський доживав свого страдницького життя в кам’яному напівпідвальному сирому холодному казематі. Очевидці так описували камеру ув’язненого праведника: «Перед нами маленькі, аршина в два, двері з крихітним віконечком посередині: двері ці ведуть до житла в’язня, куди і ми входимо. Воно має форму лежачого урізаного конуса з цегли завдовжки аршина чотири, завширшки сажень, висоти при вході три аршини, у вузькому кінці – півтора. При вході праворуч ми бачимо лаву-ложе в’язня… На другому боці – залишки розламаної печі. Стінки… сирі, плісняві, повітря затхле, сперте. У вузькому кінці кімнати знаходиться маленьке віконце вершків шість у квадраті, промінь світла, наче крадькома, через три рами і двоє грат тьмяно освітлює цей страшний каземат. При такому світлі читати можна було в найсвітліші дні й то з великим напруженням зору. Якщо ув’язнений пробував крізь це вікно подивитися на світ Божий, то його погляду відкривалося саме кладовище, що знаходиться просто перед вікном. Тому, хто пробув близько півгодини в задушливій атмосфері каземату, стає душно, кров приливає до голови, з’являється якесь безмежне відчуття страху».
Тюремний режим праведного Петра Калнишевського відзначався особливою суворістю. За переказами останнього кошового виводили з камери до церкви лише тричі на рік – на Великдень, Преображення і Різдво. Але в архівах не знайдено підтвердження навіть цього.
Лише указом нового імператора Олександра І від 2 квітня 1801 року святому Петру Калнишевському було «дароване прощення» і надане право обрати собі місце проживання на свободі за власним бажанням.
Старожили монастиря розповідали, що «після Калнишевського залишилося в камері понад два аршини нечистот, що, просидівши у в’язниці такий тривалий час він здичавів, став похмурий і втратив зір; що в нього, як у звіра виросли пазурі, довга борода і весь одяг на ньому, кафтан з гудзиками, розпався на шматки і спадав з плечей». Від нього тхнуло землею, але він не стратив розуму. Протягом всього часу ув’язнення праведник був одягнений у козацьке вбрання і завжди розмовляв українською мовою. Поводив він себе смиренно і побожно, чим здобув повагу чернецтва.
Останній кошовий отаман Запорізької Січі святий праведний Петро Калнишевський відмовився повертатися в Україну. 7 червня 1801 року він у листі до архангельського губернатора Мезенцева не без іронії дякує за звільнення і просить дозволити йому «в обителі сій чекати з спокійним духом кінця свого життя, що наближається, бо за 25 років перебування в ув’язненні він до монастиря цілком звик, а свободою і тут насолоджуюся повною мірою». Так, зрештою, сповнилося бажання його дожити вік у монастирі.
Святий праведний Петро Багатостраждальний відійшов до Господа 31 жовтня (13 листопада) 1803 року. Ченці монастиря поховали його на почесному місці – на південному подвір’ї Спасо-Преображенського собору при Успенській церкві. А в 1856 році на могилі Петра Калнишевського встановили плиту, викарбувавши в єпитафії короткий обрис життя кошового: «Здесь погребено тело в Бозе почившего кошевого бывшей грозной Сечи казаков отамана Петра Калнышевского, сосланного в сию обитель по высочайшему повелению, снова быв освобожден, но уже сам не пожелал оставить обитель, в коей обрел душевное спокойствие смиренного христианина, искренно познавшего свои вины. Скончался 1803 года, октября 31 дня, в субботу, 112 лет от роду, смертью благочестивою, доброю». Після того, як у 20-х – 30-х роках ХХ ст. на монастирському цвинтарі були влаштовані табірні городи, місце могили праведника було загублене, але до наших днів дійшла надмогильна плита з написом.
Своїм життям праведний Петро показав приклад смирення і терпіння, великої любові до Бога і свого народу та краю. Він воістину був справжнім миротворцем, а в любові до народу свого був подібний до святого апостола Павла, який писав: «Я жадав би сам бути відлученим від Христа за братів моїх, рідних по плоті» (Рим. 9, 3). Так само і святий цей праведник мав велику любов до свого народу по плоті. Тому і вибрав страждання, щоб перемогти неправду і беззаконня. Ув’язнився, щоб визволитись. Смирився, щоб піднятися. «О глибино багатства, і премудрості, і розуму Божого? Які незбагненні суди Його і недослідимі путі Його! Бо хто пізнав розум Господній? Або хто був порадником Йому? Або хто дав Йому наперед, щоб Він мав віддати? Бо все від Нього, Ним і для Нього, Йому слава повіки, амінь». (Рим. 11, 33-36).
