Відносини Запоріжжя з Іваном Мазепою були досить напруженими, але коли гетьман розпочав війну з Московщиною, Січ його підтримала. Кошовий отаман Кость Гордієнко вирушив зі своїм військом у похід і відразу розпочав боротьбу з московськими залогами, що стояли під Ореллю й Ворсклою. 23 квітня 1709 року запорожці відзначилися в бою під Сокілкою, а згодом допомагали шведам у битві під Полтавою.
Участь запорожців у повстанні обурила Петра І, і він вирішив, що просто зобов’язаний зруйнувати «кубло бунтівників». Наприкінці квітня 1709 року три московські полки, очолювані Петром Яковлєвим, вирушили човнами з Києва на Чортомлицьку Січ. На своєму шляху вони здобули міста, у яких стояли запорізькі залоги, зокрема Келеберду, Переволочну, Новий і Старий Кодак, після чого жорстоко розправилися з козаками.
Під час цього карального походу кошовий Петро Сорочинський перебував у Криму, де проводив переговори з татарами про надання козакам військової допомоги. Тому керівництво обороною Чортомлицької Січі взяв на себе Яким Богуш. Він наказав перекопати рови довкола Січі, і дуже скоро фортеця з усіх боків була оточена водою.
Спочатку П. Яковлев намагався домовитися з козаками про переговори, але після відмови січовиків став обстрілювати фортецю з гармат. Однак ця атака не заподіяла запорожцям майже ніякої шкоди: ядра просто не долітали до мети. Тоді нападники почали наступ на човнах, у результаті чого втрат зазнали тільки московські війська, бо запорожці підпустили їх на близьку відстань, а потім обстріляли човни з гармат і рушниць. Утративши 300 вояків, кількох офіцерів та полковника, що керував наступом, головнокомандувач московських військ опинився в дуже скрутному становищі.
Та знайшовся зрадник. Полковник Гнат Ґалаґан розпочав з козаками переговори, пообіцяв їм помилування, але одночасно з тим провів військо П. Яковлева під Січ. 25 травня 1709 року, коли запорожці вже склали зброю, московити увірвалися до Січі й учинили там страшну різанину… На щастя, частині запорожців удалося втекти. Та все ж у результаті цієї навали 26 курінних отаманів і 250 простих козаків потрапили в полон (з них 156 осіб страчено, а інших відправлено до Сибіру).
Московські війська забрали 40 гармат, 12 гаківниць, 62 рушниці, 13 прапорів і всі інші військові знаряддя. Наостанку вони зруйнували укріплення й спалили курені. Чортомлицька Січ перестала існувати.